癌症表型的差异CHEK2临床护理检查的变异和意义CHEK2

要点

问题是不同的CHEK2与不同癌症表型相关的致病变异(pv) ?

发现在这项对36 817名参与者进行癌症易感性检测的回顾性队列研究中，3783人患有1或更多癌症易感性CHEK2光伏发电系统;在排除了低风险的变种p.I157T, p.S428F和p.T476M之后，其他的CHEK2pv与c.1100del相似的癌症表型相关。

意义CHEK2pv与结直肠癌无关，但与乳腺癌、肾癌和甲状腺癌有关;p.I157T, p.S428F和p.T476M变体(该队列中42%的pv)仅与乳腺癌有微弱的关联。这些发现可能指导癌症监测个体CHEK2pv。

重要性生殖系CHEK2多基因癌症小组检测(MGPT)经常检测到致病变异(pv)，但我们对c.1100del以外的pv的了解有限。

客观的比较癌症的常见表型CHEK2pv单独和集体的变体类型。

设计、设置和参与者这项回顾性队列研究于2012年至2019年在单个诊断测试实验室进行。总共有3783名参与者CHEK2包括通过MGPT鉴定的pv。比较频繁pv、MGPT阴性(野生型)、功能丧失(LOF)和感觉错误的参与者的癌症病史。

主要成果及措施参与者被分层CHEK2PV类型。描述性统计数据包括连续变量的中位数(IQR)和分类特征的比例。年龄和比例的差异分别用Wilcoxon秩和和Fisher精确检验进行评估。计算频率、比值比(ORs)、95%置信区间P数值在适当的地方进行了多次比较。

结果在3783名参与者中CHEK2pv, 3473(92%)为女性，大多数报告为白种人。p.I157T组乳腺癌发生率较低(OR, 0.66;95% ci, 0.56-0.78;P<.001)， p.S428F (OR, 0.59;95%可信区间。0.46 - -0.76;P<.001)， p.T476M (OR, 0.74;95% ci, 0.56-0.98;P= .04)与其他pv相比，未发现与非乳腺癌相关。排除p.I157T, p.S428F和p.T476M后，单等位基因的参与者CHEK2PV在第一次癌症诊断时年龄较小(P< .001)，更有可能有乳房(OR, 1.83;95% ci, 1.66-2.02;P< .001)，甲状腺(OR, 1.63;95% ci, 1.26-2.08;P< .001)和肾癌(OR, 2.57;95% ci, 1.75-3.68;P< .001)。持有CHEK2PV患者诊断为结直肠癌的可能性较小(OR, 0.62;95% ci, 0.51-0.76;P与野生型队列相比< .001)。两组间无显著性差异CHEK2pv和c.1100del之间没有区别CHEK2误读和LOF pv。

结论与相关性CHEK2除了少数例外(p.I157T, p.S428F和p.T476M)， pv与相似的癌症表型相关，而与变异类型无关。CHEK2pv与结直肠癌无关，但与乳腺癌、肾癌和甲状腺癌有关。比较CHEK2pv，常见的p.I157T, p.S428F和p.T476M等位基因与乳腺癌的相关性减弱，与非乳腺癌无关。这些数据可以告知遗传咨询和个人的护理CHEK2pv。

的CHEK2该基因编码一种蛋白激酶(CHK2)，作为肿瘤抑制因子，并在DNA损伤修复中发挥作用。^1-4CHEK2变异最初是在符合Li-Fraumeni综合征(LFS)临床标准的家庭中描述的，但它们是TP53负的。⁵CHEK2致病性和可能致病性变异(pv)与乳腺癌(BC)相关。尽管它们与LFS的关系已经被否定，^6，7与其他癌症的联系仍存在争议。^8-10目前迫切需要描述与之相关的癌症表型CHEK2pv因为它们经常在癌症小组测试中被发现。^11-13

研究CHEK2c.1100del是一种功能丧失(LOF)变异，在欧洲人群中有很好的特征。^14-16BC的累积风险与CHEK2在BC患者的荟萃分析中，c.1100del估计为37%。¹⁷在哥本哈根一般人口研究中，¹⁸c.1100del变异与乳腺癌和胃癌相关，并在肾癌和肉瘤中富集，但经过多次比较校正后，这并不显著。CHEK2pv与结直肠癌、肾癌、前列腺癌和甲状腺癌有关，^11，19-24但这些发现受到样本量小和遗传同质性高的限制。

很多关于CHEK2与之相关的癌症风险依然存在。一般来说，LOF变体倾向于pv。²⁵相反，错义变体具有更多的可变影响，并取决于关键蛋白质结构域是否受到影响。²⁵一些错义变异，p.I157T, p.S428F和p.T476M，与LOF pvv相比，与BC风险降低相关CHEK2．^12，26，27Muranen等人²⁶p.I157T与c.1100del比较，在BC患者中，p.I157T比c.1100del患者预后更好。其他研究排除了p.I157T和p.S428F，因为它们与BC的相关性较低(优势比[OR] <1.5)。¹²p.I157T, p.S428F和p.T476M的高人群频率和似乎减弱的癌症风险使得描述具有挑战性CHEK2-不同类型的相关癌症风险。

我们的目的是比较参与者的癌症表型CHEK2pv按变异和变异型进行比较，并对肿瘤表型进行比较CHEK2单等位和双等位pv。

这项回顾性队列研究遵循《加强流行病学观察性研究报告》(选通脉冲)的报告准则，以评估参与者CHEK22012年7月至2019年9月期间，由卫生保健专业人员在单一诊断测试实验室(Ambry Genetics)订购的基因测试确定的pv。有并发PV的个体CHEK2另一个基因被排除在外。的CHEK2PV队列进行了8 - 25个基因靶向乳腺癌/卵巢癌小组测试(n = 2199)， 49 - 67个基因小组测试(n = 1857)，或1 - 75个基因定制小组测试(n = 119)。的CHEK2野生型(WT)队列包括33 034名在泛癌小组中没有任何pv的参与者(49-67个基因)。在任何基因中具有不确定意义的变异的个体没有被统一排除。西方机构审查委员会提供了对未识别数据的豁免审查和放弃同意。

临床特征，包括性别、种族和民族、癌症史、BC激素受体亚型、基因检测年龄和首次癌症诊断从临床医生填写的申请表格和提供的临床文件(家谱和临床记录)中获得。研究人员检查了不同类型的癌症，包括肾上腺、脑癌、结直肠癌、子宫内膜癌、胃癌、肾癌、黑色素瘤、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、甲状腺癌和肉瘤。

根据基于美国医学遗传学和基因组学学院/分子病理学协会指南的模型进行变异解释。²⁸致病性变异和可能致病性变异均记为PV。CHEK2pv被分类如下:双等位基因、单等位基因、LOF(包括截断、剪接位点变异、起始密码子、总体缺失和重复)、错义和频率高低(使用大约100个参与者阈值)。p.I157T, p.S428F和p.T476M变体在ClinVar的实验室之间有相互冲突的解释^29-32功能性研究导致了关于其致病性的问题。^{7，12，26，32-36}因此，我们首先将这些组的BC表型与其他PV和WT进行比较CHEK2以确定如何为后续分析进行分类。^10，34

对变量类别分层的参与者的描述性统计数据总结为连续特征的中位数(IQR)和类别特征的比例。年龄差异采用Wilcoxon秩和检验，不同类别间比例采用Fisher精确检验。以变异类别总结特定肿瘤类型和95% ci or的发生率。所有统计检验均为双侧，aP<。05was considered statistically significant. Adjustments for multiple tests were made according to the Bonferroni method where applicable andP小于0.00278的值是显著的。所有分析均采用R统计软件(4.0.4版;R基金会)。

在36 817名接受多基因癌症小组检测的可评估参与者中，3783名CHEK2鉴定出pvv(3734个单等位基因，49个双等位基因，图1)．在3783名携带PV的个体中，3473名参与者(91.8%)(95% CI, 90.9%-92.7%)为女性，2818名(74.5%)患有癌症(95% CI, 73.1%-75.9%)，女性参与者中2202名(63.4%)(95% CI, 61.7%-65.0%)患有BC。单等位基因PV最多的是c.1100del (n = 1252)，其次是p.I157T (n = 992)、p.S428F (n = 324)、p.T476M (n = 250)、p.R117G (n = 125)、ex8_9del (n = 113)和c.444 + 1G>A (n = 92) (图1)．ex8_9del变体是一个循环的5395碱基对删除，跨越编码外显子8和9。³⁷

我们比较了参与者中BC患病率与7个更频繁的pv与所有其他CHEK2pv和toCHEK2WT来告知我们队列中建议的低风险变异的分类。c.444 + 1G>A患者BC患病率最高(OR, 2.63;95% ci, 1.59-4.35;P< .001)， ex8_9del变体(OR, 2.36;95% ci, 1.53-3.64;P< .001)，其次是p.R117G (OR, 1.65;95% ci, 1.12-2.44;P= .01)和c.1100del (OR, 1.76;95% ci, 1.55-2.00;P<措施;图2的表8补充)与WT相比。

p.I157T、p.S428F和p.T476M变异的BC患病率低于其他pv (P<措施,P<措施,一个ndP=。04，respectively) and the ORs were fewer than 1.4 compared with WT (图2；表1-3补充)．由于这些与其他pv的显著差异，p.I157T, p.S428F和p.T476M被认为风险较低，并分别进行分析和报告。

更多的参与者报告白人种族(1707 [78.7%])CHEK2pv与WT组比较(21 907 [66.3%])(表格；表2补充)．比较了PV队列(剔除p.I157T、p.S428F和p.T476M后n = 2168)和WT队列之间的癌症特征。与WT(23 065[69.8%])相比，pv的参与者更有可能被诊断为癌症(1664 [76.8%])(OR, 1.43;95% ci, 1.29-1.58;P<措施,表格)．vs vs vs vs vs vs vs vs vs vs vs vs vs vs vs表格)．多原发肿瘤史，定义为不止一个部位的原发癌症(如乳腺癌和结肠癌)，在PV队列中比WT队列更常见(OR, 1.37;95% ci, 1.18-1.58;P<措施,表格)．

的CHEK2PV组比WT组(n = 16 029,52.7%)更有可能有BC个人病史(n = 1339, 67.1%)， OR为1.83 (95% CI, 1.66-2.02;P<措施)。与WT组(50[43-59]岁)相比，PV组首次诊断BC时的中位IQR年龄(47[41-56]岁)略小。表格)．PV组与WT组在BC方面存在其他显著差异，前者包括更多的双侧BC (OR, 1.99;95% ci, 1.74-2.28;P< .001)，更多的雌激素和/或孕激素受体(ER/PR)阳性的bc (or, 3.64;95% ci, 2.81-4.78;P< .001)，以及更多ERBB2(原HER2)阳性BC (OR, 1.49;95% ci, 1.23-1.79;P<措施;表1)．

除了BC, theCHEK2PV组肾脏较多(OR, 2.57;95% ci, 1.75-3.68;P< .001)和甲状腺癌(OR, 1.63;95% ci, 1.26-2.08;P< .001)与WT (表1)．PV组结直肠癌(CRC)发生率低于WT组，分别为5.0%和7.8% (OR, 0.62;95% ci, 0.51-0.76;P<措施;表1)．

子宫内膜癌(2.1% vs 4.2%，P< .001)和胰腺癌(0.9% vs 1.8%，P= .001)的发生率在PV队列中低于WT队列(表1；的表4补充)．脑癌、胃癌、黑色素瘤、肉瘤、前列腺癌和卵巢癌的发生率在两个队列中没有差异(表1；的表4补充)．

将p.R117G、c.444 + 1G>A、c.1100del和ex8_9del等个体频繁pv与其他进行比较CHEK2pv和WT按癌症类型划分。不同受试者BC频率重叠CHEK2pv高于WT组:p.R117G (OR, 1.65;95% ci, 1.1-2.44;P= . 01;经多次比较校正后不显著)，c.444 + 1G>A (OR, 2.63;95% ci, 1.59-4.35;P< .001)， c.1100del (OR, 1.76;95% ci, 1.55-2.00;P< .001)， ex8_9del (OR, 2.36, 95% CI, 1.53-3.64;P<措施;表8补充)．双侧bc与p.R117G (2.20;95% ci, 1.31-3.69;P= .002)和c.1100del (OR, 1.97;95% ci, 1.65-2.34;P与WT组比较<.001)补充)．

与WT相比，c.1100del PV与肾脏相关(OR, 3.11;95% ci, 1.96-4.74;P< .001)和甲状腺癌(OR, 1.68;95% ci, 1.21-2.3;P= .002;表8补充)．相比之下，CRC (OR, 0.69;95% ci, 0.53-0.88;P= .002;表8补充)和子宫内膜癌(OR, 0.46;95% ci, 0.29-0.69;P<措施;表5补充)的发病率较低CHEK2c.1100del。其他检查的癌症(肾上腺、脑癌、胃癌、肉瘤、前列腺癌和卵巢癌)与此无关CHEK2PV(表5在补充)．

双等位基因(n = 21)与单等位基因(n = 2168)进行了比较补充）;LOF (n = 1924) vs missense (n = 244)变体(表7)补充）;c.1100del (n = 1252)与其他pv (n = 916)对任何癌症和BC的影响(表8)补充，图3)．

的biallelicCHEK2在任何癌症诊断中，PV队列的年龄都更小(中位年龄，37岁vs 47岁;P< 0.001)和BC诊断时(中位年龄，40岁vs 47岁;P= .02)与单等位基因PV队列(图3；表6补充)．与WT组相比，双等位基因队列中乳腺癌的发生率更高，这具有统计学意义(P<措施)。

在包括BC在内的任何癌症类型中，LOF与missense变体之间以及c.1100del与其他pv之间的癌症诊断年龄没有显著差异(图3；表格7和8补充)．

低风险变异p.I157T、p.S428F和p.T476M分别通过比较各组与WT和PV组的癌症特征进行检查(表1-3)补充)．

p.I157T组和WT组在包括BC在内的任何癌症的发生频率上均无显著差异(p.I157T组和WT组的表1)补充)．双侧BC频率(OR, 1.52;95% ci, 1.23-1.89;Pp.I157T组的p.I157T < .001)高于WT组。然而，与其他pv相比，p.I157T队列的BC频率明显较低(OR, 0.66;95% ci, 0.56-0.78;P<措施;表1补充)．当p.I157T与WT和其他pv进行比较时，在任何癌症诊断(包括结直肠癌、肾癌和甲状腺癌)的频率上都没有差异。

与WT相比，p.S428F队列在任何癌症诊断、BC和双侧BC的频率上均无差异补充)．任何癌症(OR, 0.50;95% ci, 0.39-0.65;P< .001)， BC(或，0.59;95% ci, 0.46-0.76;P< .001)，双侧BC (OR, 0.44;95% ci, 0.27-0.44;P与其他pv相比，p.S428F队列中< .001)发生率较低。

p.T476M组BC发生率高于WT组(OR, 1.35;95% ci, 1.03-1.77;P= .03)，但低于其他pv (OR, 0.74;95% ci, 0.56-0.98;P= .04)(表3补充)，但在校正多重比较后，两者都不显著。p.T476M和其他癌症之间在任何癌症、双侧BC、CRC、肾癌和甲状腺癌方面均无显著差异CHEK2pv，和WT(表3在补充)．

生殖系CHEK2pv经常在癌症小组检测中被发现，并且在患有BC的女性参与者中丰富。^38，39除了常见的低风险变异(p.I157T, p.T476M和p.S428F)，我们发现大多数CHEK2pv，无论是错义还是LOF，都与相似的癌症表型相关。这对于低风险变异个体的咨询和护理具有重要意义，因为他们占总数的41.9%CHEK2单等位基因PV队列。在比较LOF和missense时，BC患病率和发病年龄没有差异CHEK2pv。

总的来说,CHEK2与WT相比，pv与BC (OR, 1.83)、ER/ pr阳性BC (OR, 3.60)、ERBB2蛋白阳性BC (OR, 1.50)和双侧BC (OR, 2.00)相关。这些发现证实了先前的相关性CHEK2公元前1100年^17，40，41和双边BC。⁴²和其他研究一样，我们发现CHEK2pv与ER/ pr阳性和ERBB2蛋白阳性BC相关。^{12，25，40，42-44}

目前，患有CHEK2pv在40岁时通过磁共振成像(MRI)和乳房x光片开始BC筛查，如果有早发性BC家族史，则更早开始筛查。⁸最近的比较建模研究⁴⁵建议从30岁至35岁开始每年进行乳房MRI检查，并在40岁时进行乳房x光检查CHEK2pv。我们发现首次诊断BC的中位年龄(IQR)为47岁(41-50岁)，这表明35岁之前的筛查可能效用有限。

BiallelicCHEK2与单等位基因pv(中位年龄47岁)相比，pv与更高的BC发病率和更早的BC年龄(中位年龄40岁)相关，这一发现与Rainville等人的发现一致。⁴⁶与单等位pv相比，双等位pvCHEK2pv还与任何癌症的年龄更早10岁相关(单等位基因pv的中位年龄为37岁vs 47岁)。这一发现是值得注意的，并支持更早地筛查双等位基因患者CHEK2pv。

CHEK2pv与多个原发性(P< .001)，肾脏(OR, 2.6;P< .001)和甲状腺癌(OR, 1.6;P与WT相比< .001)。先前曾提出c.1100del与肾癌相关(风险比，3.61;P= .01)，虽然Bonferroni校正后无统计学意义。¹⁸在目前的研究中，即使校正了多次比较，这种关联仍然很重要，可能是由于样本量更大。对肾癌患者的研究进一步支持了这种联系CHEK2pv的比例过高，在2%-3.5%的患者中发现。^47，48更多关于预后的数据CHEK2-相关肾癌，包括建模和成本效益研究，以告知筛查。

Naslund-Koch等人认为这与甲状腺癌有关，¹⁸虽然在Bonferroni校正后也不显著。在这里，我们发现了支持Kamihara等人工作的持久联系，他们发现CHEK2甲状腺癌患者中pv丰富。²²如上所述，关于的攻击性还需要更多数据CHEK2-相关甲状腺癌的监测。

CHEK2与WT相比，pv与结直肠癌无相关性(OR, 0.62)。这些结果与元分析一致⁴⁹在CHEK2CRC和哥本哈根研究，¹⁸对照组以人群为基础，c.1100del为阴性。总的来说，这些研究结果表明，强化的CRC筛查可能不需要进行，并为患有CRC的患者提供护理指南CHEK2pv应该被改进。

与以往文献一致，p.I157T和p.S428F变异与BC相关的频率较低CHEK2pv。^12，25，50经过多次比较校正后，p.T476M的BC频率与其他pv或WT没有差异。此外，p.I157T、p.T476M和p.S428F与WT相比，非BC发生率较低。这些变体的分类不一致。^29-32，51在之前对生物信息学家和临床遗传学家的研究中，Agaoglu等人⁵²显示p.T476M突变被分类为意义未知的变异，不同的解释可能是致病的或致病的。虽然p.I157T变异的BC频率与WT无显著差异，但双侧BC频率为(OR, 1.52;P< .001)，表明该变异可能与影响BC风险的其他遗传修饰因子协同作用。

2019年，美国乳腺外科医生协会建议所有患有BC的女性考虑进行生殖细胞基因检测。⁵³随着检测范围的扩大，将有更多的患者被确诊为常见的低风险患者CHEK2pv (p.I157T, p.S428F和p.T447M)，加速了医疗保健专业人员的知识需求，并为患者提供咨询CHEK2癌症相关(或缺乏相关)在BC手术决定之前。

本研究的局限性包括同质(主要是白人女性参与者)研究人群，大多数有BC史。认识到男性接受基因检测的可能性较小，^54-59在选择用于癌症易感性基因检测的队列中存在固有的确定偏差。通常，这些确定偏差会导致癌症ORs的高估。然而，我们的WT队列受到同样的测试偏倚，这可能会降低癌症的or值CHEK2pv。因此，这些数据没有用于估计基因型癌症风险，因为该队列不是基于人群的。相反，由于这种偏倚，一些肿瘤相关性可能不明显，如先前报道的结肠直肠癌和前列腺癌。在最近的一项全现象关联研究中，⁶⁰CHEK2与白血病和浆细胞肿瘤有关;然而，在我们的研究中，这是不可评估的，因为外周血不是血液恶性疾病患者生殖细胞检测的最佳样本。我们没有评估非黑素瘤皮肤癌的发生频率，尽管有证据表明存在相关性。⁶¹单核苷酸变异检测和多基因风险评分无法进一步细化基因型和分析表型。大量具有低风险等位基因的参与者，p.I157T, p.S428F和p.T476M，使我们能够分别检查这些基因。然而，PV类别中包含的一些较低频率的等位基因也可能与减弱的表型相关。

这些数据提供了对基因型-表型关联的敏锐洞察CHEK2．CHEK2pv在任何癌症诊断中都与较年轻有关，有多种原发癌症;ER/ pr阳性，ERBB2蛋白阳性BC，双侧BC，肾癌和甲状腺癌。其他先前报道的关联，包括CRC，未被确定。这项大型研究通过基因型来识别癌症表型。遗传修饰因素影响CHEK2外显率和在未来可能有助于癌症患者的风险分层CHEK2pv。^62-64虽然还需要在基于人群的队列中进行更多的研究，但这些数据有助于细化癌症的相关性CHEK2pv和低风险等位基因。

在这项队列研究中CHEK2除了p.I157T、p.S428F和p.T476M的低外显率等位基因外，pv与相似的癌症表型相关，而与变异类型(错义或LOF)无关。与erbb2阳性BC癌、肾癌和甲状腺癌相关，但未发现与CRC和其他癌症相关。这些数据可以为遗传性疾病患者的遗传咨询和风险评估提供依据CHEK2pv。

接受出版:2022年7月8日。

网上发表:2022年9月22日。doi:10.1001 / jamaoncol.2022.4071

开放:这是一篇开放获取的文章，根据CC-BY-NC-ND许可证．©2022 Bychkovsky BL等人。JAMA肿瘤学．

通讯作者:布列塔尼·l·贝切科夫斯基，医学博士，硕士，达纳-法伯癌症研究所，波士顿布鲁克林大街450号，马萨诸塞州02215 (brittany_bychkovsky@dfci.harvard.edu)．

作者的贡献：Jhou博士和Rana博士可以完全访问研究中的所有数据，并对数据的完整性和数据分析的准确性负责。Bychkovsky博士和Agaoglu博士是共同第一作者。

概念及设计:Bychkovsky, Agaoglu, Horton, Young, Garber, Rana。

数据的获取、分析或解释:所有作者。

文稿起草:Bychkovsky, Agaoglu, Yussuf, Rana。

对重要知识内容的手稿的批判性修订:Bychkovsky, Agaoglu, Horton, Zhou, Hemyari, Richardson, Young, LaDuca, McGuinness, Scheib, Garber, Rana。

统计分析:Bychkovsky, Agaoglu, Zhou, Hemyari, Richardson, Young, Rana。

获得资助:Rana。

支持:行政、技术或物质上的支持:霍顿，尤瑟夫，理查德森，杨，拉杜卡，拉纳。

监督:Bychkovsky, Hemyari, Richardson, Scheib, Garber, Rana。

其他-患者倡导者:麦吉尼斯。

其他-乳腺肿瘤学的临床相关性:斯盖布。

利益冲突披露:霍顿博士报告了在研究期间从Ambry Genetics公司收取的个人费用。Yussuf博士报告了在研究期间从Ambry Genetics公司收取的个人费用。理查森博士在研究期间以全职受薪员工的身份报告了来自Ambry Genetics的个人费用。据报道，杨医生是橱柜基因公司的一名受薪员工。LaDuca博士报告了Ambry Genetics在研究期间的个人雇佣费用。加伯博士报告了Invitae实验室在提交工作之外的一个项目中对样本进行的基因检测。Rana博士报告了Ambry Genetics在提交的工作之外为合作和研究提供的非经济支持。没有其他披露的报道。

额外的贡献:作者感谢Kaitlyn T. Bifolck文学士的编辑支持。她是达纳-法伯癌症研究所的全职员工，除了正常工资外没有任何报酬。